Năm 1776, ngày 5 tháng 3, Anh Tổ băng hà. Sang ngày 10 tháng 3, Vương thế tôn Lý Toán lên kế vị. Ông đã khẳng định mình là con trai của Tư Điệu Vương thế tử Lý Huyên, đồng thời để tỏ lòng hiếu thuận với sinh mẫu, Chính Tổ đã phong tặng Huệ tần họ Hồng làm Huệ Khánh cung (惠慶宮). Trong vương thất, danh hiệu này chỉ đứng dưới Trinh Thuần Vương hậu họ Kim khi ấy đang là Duệ Thuận Vương đại phi.

Thời kỳ trị vì của ông được đánh giá là ổn định, không rối loạn như thời kỳ của Anh Tổ. Anh Tổ đã quyết định ban chết cho người con trai độc nhất khi ấy là Trang Hiến Vương thế tử dưới áp lực lớn và ảnh hưởng đáng kể của các thế lực quyền thần, những người vốn có sẵn mâu thuẫn với Vương thế tử. Sau này tuổi thơ và thời kỳ làm thế tôn của Chính Tổ gặp không ít khó khăn, chủ yếu là đến từ Trinh Thuần Vương hậu và phái Lão luận. Chính Tổ nhiều lần vượt qua biến động chính trường nhờ vào phần lớn sự giúp đỡ của Hồng Quốc Vinh[1].

Năm 1787, ông minh oan cho cha là Tư Điệu Vương thế tử, đổi gọi thụy hiệu là Trang Hiến (莊獻). Mộ phần của Trang Hiến Thế tử cũng được sửa sang và đổi tên gọi từ Thùy Ân mộ (垂恩墓) thành Vĩnh Hựu viên (永祐园), từ đường Thùy Ân miếu (垂恩庙) đổi gọi làm Cảnh Mộ cung (景慕宫). Còn Hiếu Chương Vương thế tử Lý Hưng (孝章王世子 李緈) và Hiền tần họ Triệu (賢嬪 趙氏) trên danh nghĩa vẫn là cha mẹ của ông, được truy tôn làm Chân Tông Đại vương (真宗大王) và Hiếu Thuần Vương hậu (孝純王后), lăng mộ đặt tại Vĩnh lăng (永陵), Pha Châu.

Năm 1789, ông quyết định dời mộ phần của cha là Trang Hiến Vương thế tử về Thủy Nguyên, đặt tại Hiển Long viên (顯隆園), về sau đổi thành Long lăng (隆陵). Tại đây, Chính Tổ xây dựng Hoa Thành để canh giữ cho lăng mộ của Trang Hiến Thế tử. Hiện nay, Hoa Thành là một trong những di sản văn hóa thế giới.